Словарь русских фамилий
От хлыстун — тунеядец, лентяй. (Э). Фамилия Хлыстун. В имеющихся в моем распоряжении источниках они не объясняются, но можно предположить что имеет туже основу, только для русского языка такие бессуффиксальные фамилии редки.
хлыстун