Этимологический словарь Крылова
килька
Название для этой мелкой рыбешки мы позаимствовали у эстонцев, которые эту рыбку называют kilu. И, конечно же, в русском языке это слово получило оформление по образу созвучных русских существительных – кепка, сумка и т. п. Высказывается предположение, что эстонское слово является заимствованием из немецкого, где Kiel – "киль". Переход значения на кильку объясняется формой этой рыбки, напоминающей киль корабля.