Этимологический словарь Крылова
Общеславянский глагол, восходящий к основе корь (та же основа в слове укор). К этой же основе, но с измененной корневой гласной, восходит и существительное кара. Таким образом, исходное значение глагола покорить – "подвергнуть наказанию".