Этимологический словарь Макса Фасмера
трухнуть
I тру́хнуть
"делаться трухлявым, преть", сербохорв. тру̏хнути, см. труха́.
II трухну́ть
струхну́ть. По-моему, новообразование от трус, тру́сить. Обычно реконструируется праформа *truх- ввиду польск. truchliwy, truchɫy "пугливый, испуганный", potruchleć "перетрусить" и сращивается с лтш. traušâtiês "бояться" (М. – Э. 4, 227; Мi. ЕW 363).