Этимологический словарь Крылова
похерить
Это слово, имеющее значение "зачеркнуть, уничтожить что-либо", образовано от старинного названия буквы "х", которая в прежние времена именовалась "хер". Это наименование представляет собой сокращение еще более старого названия этой буквы – "херувим". Буквальное значение – "ставить крест, зачеркивать крестом" – объясняется крестообразным начертанием буквы "х".