Этимологический словарь Макса Фасмера
похерить
похе́рить
"перечеркнуть, загубить, выключить". Первонач. семинаристское выражение, от названия буквы х "хер", сокращение от херуви́м (см.). Ср.: владыка решение консистории синим хером перечеркнули (Лесков, Соборяне), также захе́рить "зачеркнуть крест-накрест", кашинск. (См.); ср. Преобр. II, 118. Неправильно рассматривает Миклошич (Мi. ЕW 86), считая заимств. Следует также отклонить объяснение из греч. χειρόω, -όομαι "одолевать", вопреки Маценауэру (LF 7, 218).